15 апреля 1926 года состоялся первый Съезд профсоюзов Советская Социалистическая Автономная Республика Таджикистан, постановлением которого был создан руководящий орган профсоюзов Таджикистана – Таджиксовпроф. 19 апреля 1937 года в соответствии с решением пленума ВЦСПС были ликвидированы республиканские, областные, городские и местные советы профсоюзов. В 1948 году был вновь создан Таджиксовпроф. Постановлением ХV съезда профсоюзов Таджикистана от 24 января 1991 года Таджиксовпроф переименован в Совет Федерации профсоюзов РТ. Постановлением ХVI съезда профсоюзов Таджикистана от 24 мая 1996 года Совет Федерации профсоюзов РТ переименован в Совет Федерации независимых профсоюзов Таджикистана Постановлением ХVII съезда профсоюзов Таджикистана от 26 мая 2001 года Совет Федерации независимых профсоюзов Таджикистана переименован в Федерацию профсоюзов Таджикистана, Постановлением ХVIII съезда профсоюзов Таджикистана от 25 мая 2006 года вновь переименован в Федерацию независимых профсоюзов Таджикистана.